Actualmente se debe cultivar las muestras de esputo durante varias semanas para posteriormente realizar el estudio genético que permite determinar las resistencias a fármacos del Mycobacterium Tuberculosis (Mtb).
Disponer del mapa genético de la bacteria de cada paciente ayuda a crear terapias individualizadas y más efectivas. Actualmente, se tardan seis semanas en realizar el genotipado porque las muestras tomadas (esputo, normalmente) deben cultivarse durante varias semanas para que crezcan las colonias de bacterias antes de enriquecerse y secuenciar el ADN del Mtb. Con el nuevo test, el proceso de enriquecimiento y secuenciación se realiza directamente en las muestras, evitando las semanas de cultivo.
En el estudio, liderado por la Dra. Brown del Oxford Gene Technology (Reino Unido), se analizó un total de 58 muestras procedentes del diagnóstico rutinario de pacientes de Lituania y Reino Unido. En los análisis se incluyeron 24 muestras con baciloscopia positiva (demostración de al menos un bacilo en el espécimen), 24 cultivos coincidentes como control y 10 ejemplares de pacientes previamente diagnosticados de tuberculosis pero que no crecieron al ser cultivadas. La secuenciación y análisis fue ciega respecto a los resultados de las muestras y las resistencias.
Previamente a la secuenciación genética, las muestras fueron mínimamente tratadas, procediendo a su descontaminación para evitar falsos positivos. Posteriormente, se procedió a la centrifugación de los especímenes y a la obtención del material genético.
De las 24 muestras positivas, se obtuvo la secuenciación genética al enriquecer directamente el ADN. Los resultados se compararon con los resultados de otros métodos moleculares así como de cultivo convencionales. Los resultados mostraron altos niveles de concordancia entre la resistencia fenotípica. De los 24 pares de muestras analizados (directamente de la muestra vs. cultivo previo), la coincidencia en las mutaciones que predicen resistencia a fármacos fue del 100%. Las mutaciones encontradas están relacionadas con resistencias a isoniazida y rifampicina.
Todo el proceso duró una semana, en contraposición a las seis semanas de media que se necesitan para la secuenciación genética si se cultivan las muestras. El estudio demuestra por primera vez que puede hacerse una secuenciación genética del Mtb sin necesidad de cultivo previo de forma rápida y eficaz.
Sin embargo, hasta que la Organización Mundial de la Salud (OMS) no haya aprobado este nuevo test, el producto no estará ampliamente disponible. El proceso de aprobación puede tardar hasta tres años. Otro problema es que en personas con pequeñas cantidades de bacterias en las muestras –como menores de cinco años y personas con VIH con bajos recuentos de CD4– la utilización de esputo podría disminuir la eficacia del test.
Idealmente, se necesitaría una herramienta diagnóstica que permita procesar cualquier tipo de muestra (sangre, orina, esputo, médula ósea y/o heces) e identificar la bacteria a través de nuevos biomarcadores. Por último, la prueba actualmente cuesta unos 350 dólares, lo que haría inviable su implementación ya que actualmente otros tests de resistencias, como el GeneXpert, tienen un coste inferior a 10 dólares por test.
Fuente: ScienceDaily/Elaboración propia (gTt-VIH)
Referencias: New test could identify resistant tuberculosis faster; http://www.sciencedaily.com/releases/2015/05/150513083723.htm. Mayo 2015.
Rapid whole-genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis isolates directly from clinical samples; Brown et al. Journal of Clinical Microbiology http://jcm.asm.org/content/53/7/2230 via Research Gate, http://www.researchgate.net/publication/276359899_Rapid_Whole_Genome_Sequencing_of_M._tuberculosis_directly_from_clinical_samples.
Comunicación con Khairunisa Suleiman, activista y experta en diagnósticos de tuberculosis. Miembro del Comité Asesor Comunitario Internacional de Tuberculosis.
